Теория эволюции Дарвина также является общепринятой теорией в своей области в том смысле, что никто всерьез не сомневается, что эволюция через естественный отбор, действующий на популяции с бес­порядочными вариациями, — это «происхождение видов» и, в общем, биологической адаптации. Ни один серьезный биолог или философ не приписывает происхождение видов божественному созданию или эво­люции Ламарка. (Ламаркизм, эволюционная теория, которую вытеснил Дарвинизм, был аналогом индуктивизма. Эта теория приписывала био­логические адаптации наследованию характеристик, к которым орга­низм стремился и которые он приобрел за всю свою жизнь). Однако, как и в случае с тремя другими основными нитями, многочисленны и широко распространены возражения чистому Дарвинизму как объясне­нию явлений в биосфере. Один класс возражений сосредоточивается на вопросе, было ли в истории биосферы достаточно времени для разви­тия такой колоссальной сложности путем только естественного отбора.

Для подтверждения подобных возражений не было выдвинуто ни одной жизнеспособной конкурирующей теории, кроме, вероятно, одной идеи (последними защитниками которой были астрономы Фред Хойл и Чандра Викремасингхе) о том, что сложные молекулы, на которых основана жизнь, зародились в открытом космосе. Однако цель таких возраже­ний не столько в том, чтобы противоречить модели Дарвина, сколько заявить, что нечто фундаментальное остается необъясненным в отно­шении того, как появились адаптации, наблюдаемые нами в биосфере.

Дарвинизм также критиковали за его цикличность, потому что он говорит о «выживании сильнейших» как об объяснении, в то время как «сильнейших» он определяет, обращаясь к прошлому, как тех, кто вы­жил. Существует и альтернатива: на языке независимого определения «пригодности» идее о том, что эволюция «благоприятствует сильней­шим», кажется, противоречат факты. Например, наиболее интуитив­ным определением биологической пригодности было бы «пригодность вида для выживания в определенной нише» в том смысле, что тигра можно было бы счесть оптимальной машиной для занятия именно той экологической ниши, которую занимают тигры. Стандартные примеры, которые противоречат «выживанию сильнейших», — это адаптации, та­кие, как хвост павлина, которые, на первый взгляд, делают организм гораздо менее пригодным для проживания в его нише. Подобные возра­жения вроде бы подрывают способность теории Дарвина достичь сво­ей первоначальной цели: объяснить, каким образом могли появиться видимые «модели» (т.е. адаптации) живых организмов через действие «слепых» законов физики над неживой материей без вмешательства це­леустремленного Творца.